Pierwsza linijka kodu w języku Perl ma specjalne znaczenie, aczkolwiek nie jest niezbędna do działania programu. Powinna wyglądać następująco:
#!/usr/bin/perl
Ścieżka /usr/bin/perl zależy od konkretnego systemu i należy ją odpowiednio zmodyfikować, tak aby wskazywała interpreter. Zasadniczo, podobnie jak w zwykłych skryptach pisanych np. w sh, linie rozpoczynające się od znaku "#" są ignorowane przez kompilator i pozwalają na umieszczanie własnych komentarzy wewnątrz programu.
Oto najprostszy program w Perlu wypisujący na ekranie tekst:
#!/usr/bin/perl
print 'Hello World.';
Należy pamiętać o tym, że każdą operację oddzielamy od następnej za pomocą średnika.
Aby uruchomić nasz program, należy zapisać go w zwykłym pliku tekstowym. Możemy użyć do tego celu jakiegokolwiek edytora. Następnie nadajemy plikowi odpowiedni atrybut wykonywalności poleceniem: chmod u+x nazwa_pliku. Uruchamiamy program, wywołując go z linii komend:
nazwa_programu # jeśli znajduje się on w katalogu na ścieżce
./nazwa_programu # jeśli nie znajduje się w katalogu na ścieżce, ale
# jest w katalogu bierzącym
perl nazwa_programu # podając go jako parametr dla interpretera (w tym
# przypadku atrybut wykonywalności pliku nie musi
# być ustawiony)
Istnieje jeszcze inny, czasem przydatny sposób uruchamiania programów. Opcja interpretera -e może być użyta do wprowadzenia pojedynczej linii skryptu, np. perl -e "print 'Hello World.';". Możliwe jest wielokrotne użycie opcji -e i budowanie w ten sposób skryptu o wielu liniach, np. perl -e "print 'Hello World. ';" -e "print 'Hello once again.'".
Aby sprawdzić poprawność składni jakiegoś programu, ale nie uruchamiać go, należy interpreter wywołać z opcją -c.
Inną pomocną i stosunkowo nową w języku opcją interpretera jest -w. Powoduje ona wypisanie komunikatów dotyczących aktualnie wykonywanego skryptu. Często dzięki niej możemy odnaleźć usterki niezauważone w procesie kompilacji, a mimo to istotne dla działania programu.