Możliwość uruchamiania Linuxa na każdej maszynie z Alphą jest ograniczona tylko twoimi możliwościami zdobycia informacji małych detali jej wnętrza. Ponieważ istnieją wersje Linuxa na EB66, EB64+ i EB164, wszystkie systemy oparte na 21066, 21064/APECS lub 21164/ALCOR powinny działać pod Linuxem z małymi albo bez żadnych modyfikacji. Główna różnica pomiędzy tymi płytami głównymi, to sposób, w jaki route'ują przerwania. Są trzy źródła przerwań:
Wszystkie systemy użwają mostku Intel System I/O (SIO), jako mostu PCI <-> ISA (główna szyna I/O to PCI, ISA jest drugorzędną szyną używaną do obsługi wolniejszych i ,,wywłaszczających'' (ang. legacy) urządzeń). SIO składa się z tradycyjnej, połączonej pary 8259-tek.
Niektóre systemy (np. NoName) route'ują wszystkie przerwania przez SIO do procesora, a inne mają oddzielny kontroler przerwań i route'ują wszystkie przerwania PCI i przerwanie SIO (wyjście 8295) przez niego, a wszystkie przerwania ISA przez SIO.
Inne różnice pomiędzy systemami to: